Il Comitato di Gestione è nominato dal Consiglio Generale ed è composto da cinque membri; ne fanno parte di diritto il Presidente e il Vice Presidente. Il Comitato di Gestione dura in carica quanto il Consiglio Generale e scade con esso.
Il Comitato di Gestione ha tutti i poteri per l’ordinaria e la straordinaria amministrazione di Fondazione Compagnia di San Paolo. È quindi il Comitato di Gestione a deliberare in materia di interventi nei settori rilevanti.